軽自動車の商用バンであるアトレーをベースに、軽乗用ワゴンにしたのがアトレーワゴン。64馬力の直3ツインカムターボを搭載するエアロダウンビレットターボ、カスタムターボ、ツーリングターボと、48馬力の直3ツインカムを搭載するカスタム、CX、CLの計6グレード構成。ただし、CLは4ナンバー扱いとなる。駆動方式はそれぞれに後輪駆動の2WDとフルタイム4WDを用意。組み合わされるトランスミッションはフロア式5MTとコラム式ATで、ターボは4速、NAは3速ギアとなる。ルーフ形状はエアロダウン系、カスタム系がロールーフ、ツーリングターボとCXとCLはハイルーフ。ただし、メーカーオプションでサンルーフを選択した場合、カスタム系はハイルーフとなる。フロントシートはエアロダウン系、カスタムターボとカスタムのATがベンチタイプ、残りはセパレートタイプ。リヤシートはセパレートタイプで、左右独立180mmのロングスライドとリクライニングが可能。前側に折りたたむと座面が足元に入り込み、フラットなラゲッジになる。安全機構として全車に運転席エアバッグ、フォースリミッター付きシートベルト、衝突時に自動でドアロックが解除され、ハザードランプが点灯する衝撃感知安全システム、クラッチスタートシステム（MT車）を全車に標準で装備する。